Sesuai dengan Peraturan Pemerintah No. 41 Tahun 2007 dan dituangkan dalam Peraturan Daerah No. 9 Tahun 2008, maka susunan organisasi RS. Ernaldi Bahar sebagai berikut :
1. Direktur
2. Wakil Direktur Umum dan Keuangan
Bagian Pengembangan
• Sub Bagian Penyusunan Program dan Anggaran
• Sub Bagian Evaluasi dan Pelaporan
Bagian Keuangan
• Sub Bagian Perbendaharaan
• Sub Bagian Tata Usaha Keuangan
Bagian Umum dan SDM
• Sub Bagian Umum dan Perlengkapan
• Sub Bagian Kepegawaian
3. Wakil Direktur Medik dan Keperawatan
Bidang Pelayanan Medik
• Seksi Pelayanan Medik Umum dan Khusus
• Seksi Pengembangan Pelayanan Medik
Bidang Penunjang Medik
• Seksi Laboratorium dan Farmasi
• Seksi Gizi dan Sarana Prasarana
Bidang Keperawatan
• Seksi Asuhan Keperawatan
• Seksi Logistik